Los transposones son el componente principal del genoma eucariota, y cada vez más datos del genoma de plantas muestran que los transposones son diversos en la regulación de la estructura, variación, función y evolución del genoma, con diferentes mecanismos de transposición en el genoma. La hibridación y la poliploidia juegan un papel importante en la promoción de la especiación y evolución de las plantas, y estudios recientes han demostrado que la poliploidia suele ir acompañada de la expansión de transposones, que afectan el tamaño y la estructura del genoma de las plantas poliploides. Los transposones pueden insertarse en genes y regiones intergénicas, lo que resulta en grandes diferencias en la estructura general del genoma de especies de plantas estrechamente relacionadas, y también pueden capturar segmentos de genes en el genoma para aumentar el número de copias de los genes. Además, los transposones influyen en el estado de modificación epigenética del genoma y regulan la expresión del gen, mientras que el fenotipo de la planta, la respuesta a estrés biológico y abiótico también son regulados por transposones. En general, los transposones juegan un papel importante en el genoma de las plantas, especialmente en el genoma de plantas poliploides, adaptación y evolución.