Los pandas rojos evolucionaron de carnívoros a herbívoros y son únicos dentro de Carnivora. Los pandas rojos y los mamíferos carnívoros consumen leche durante el período de lactancia, mientras que consumen bambú y carne durante el período adulto, respectivamente. Los pandas rojos y los ferrets mamíferos carnívoros tienen una estrecha relación filogenética. Para investigar más a fondo los mecanismos moleculares de los cambios dietéticos y la utilización de nutrientes en los pandas rojos desde la lactancia hasta la adultez, se realizó un análisis comparativo del transcriptoma completo en tejidos estomacales de pandas rojos y ferrets durante los períodos de lactancia y adulto. Los principales resultados son los siguientes: (1) identificamos ncARNs por primera vez en los tejidos estomacales de ambas especies y encontramos cambios significativos en la expresión de 109 lncARNs y 106 miARNs en pandas rojos y 756 lncARNs y 109 miARNs en ferrets entre los dos períodos; (2) los genes regulados al alza relacionados con el transporte de aminoácidos regulados por redes de lncRNA-miRNA-mRNA pueden utilizar de manera eficiente los limitados aminoácidos del bambú en los pandas rojos adultos, mientras que los genes regulados al alza relacionados con la degradación de aminoácidos regulados por lncARNs pueden mantener el equilibrio del metabolismo de aminoácidos debido a mayores ingestas diarias en los ferrets adultos; y (3) algunos genes regulados al alza relacionados con la digestión de lípidos pueden contribuir a la utilización de ricos nutrientes en la leche para el rápido crecimiento y desarrollo de los pandas rojos lactantes, mientras que los genes regulados al alza asociados con el metabolismo del ácido linoleico regulados por redes de lncRNA-miRNA-mRNA pueden promover la descomposición del colesterol para reducir los riesgos para la salud de los ferrets adultos carnívoros. En conjunto, nuestro estudio ofrece evidencia de adaptación de la expresión génica y regulación de ncRNA en respuesta a cambios dietéticos específicos y utilización de nutrientes en los pandas rojos durante los períodos de lactancia y adulto.