La oscilación circadiana celular autónoma está presente en tejidos centrales y varios tejidos periféricos. El reloj intrínseco del tejido y diversas señales extrínsecas impulsan los ritmos de expresión génica. Se piensa que la regulación de la transcripción es la principal fuerza motriz de los ritmos génicos. Sin embargo, cómo surgen los ritmos de transcripción sigue sin estar completamente caracterizado debido a que la transcripción se regula en múltiples etapas. En particular, el reclutamiento de Pol II, la liberación de la pausa y la terminación prematura de la transcripción son pasos regulatorios críticos que determinan el estado de la pausa de Pol II y la producción de transcripción cerca del sitio de inicio de la transcripción (TSS) del promotor. Recientemente, mostramos que la pausa de Pol II exhibe cambios a nivel genómico durante la transcripción diaria en el hígado de ratón. En este artículo, revisamos hallazgos históricos así como recientes sobre la regulación de los ritmos de transcripción por el reloj circadiano y otros factores de transcripción, y las posibles limitaciones de esos resultados para explicar la transcripción rítmica en el TSS. Luego discutimos nuestros resultados sobre las características a nivel genómico de los cambios diarios en la pausa de Pol II, los posibles mecanismos regulatorios involucrados y su relevancia para futuras investigaciones sobre la regulación de la transcripción circadiana.