La longitud del hipocótilo está estrechamente relacionada con la calidad en las plántulas y es un componente importante de la altura de la planta, vital para la cría de tipos de plantas en el pepino. Sin embargo, los mecanismos moleculares subyacentes a la elongación del hipocótilo son poco comprendidos. En este estudio, el contenido de hormonas endógenas de ácido indolacético (IAA) y giberelina (GA) mostró un aumento en el mutante de hipocótilo largo (fitocromo B) AM274M en comparación con su tipo silvestre AM274W. Un análisis de secuenciación de ARN identificó 1130 genes expresados diferencialmente (DEGs), de los cuales 476 y 654 estaban regulados al alza y a la baja en el mutante AM274M, respectivamente. Un análisis de enriquecimiento de KEGG mostró que estos DEGs estaban principalmente enriquecidos en la vía de transducción de señales de hormonas vegetales. Los niveles de expresión de los genes clave en la vía de biosíntesis de giberelina y en la vía de biosíntesis de auxina estaban notablemente elevados en el hipocótilo del mutante AM274M, en contraste con el tipo silvestre AM274W. Además, la tinción con GUS y un ensayo de reportero de luciferasa dual corroboraron que los factores que interactúan con fitocromos pueden unirse a los motivos E(G)-box presentes en los promotores de los genes, modulando así su expresión y, posteriormente, influyendo en la elongación del hipocótilo. En consecuencia, esta investigación ofrece profundas perspectivas sobre la regulación de la elongación del hipocótilo por auxina y giberelina en respuesta a señales de luz y establece una base teórica crucial para cultivar plántulas de pepino robustas en la práctica agrícola.