Identificación de una región genómica única en el castaño dulce (Mill.) que controla la resistencia a la avispa de la agalla del castaño asiático Yasumatsu
Autores: Gaudet, Muriel; Pollegioni, Paola; Ciolfi, Marco; Mattioni, Claudia; Cherubini, Marcello; Beritognolo, Isacco
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2024
Acceso abierto
Artículo científico
2024
Identificación de una región genómica única en el castaño dulce (Mill.) que controla la resistencia a la avispa de la agalla del castaño asiático Yasumatsu
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Avispa de la agalla del castaño asiático
Acgw
Estudio de asociación a nivel genómico
Secuenciación de pool de ADN
SNPs
Resistencia
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 8
Citaciones: Sin citaciones
La avispa de la agalla del castaño asiático (ACGW) (Hymenoptera Yasumatsu) es una plaga severa del castaño dulce (Mill.) con un fuerte impacto en el crecimiento y la producción de nueces. Se realizó un ensayo de campo comparativo en el centro de Italia, que incluyó procedencias de España, Italia y Grecia, para evaluar la infestación por ACGW durante años consecutivos. La procedencia griega Hortiatis mostró una alta proporción de plantas inmunes y se utilizó para realizar un estudio de asociación a nivel genómico basado en la secuenciación de pools de ADN (Pool-GWAS) comparando dos pools de ADN de 25 plantas susceptibles y 25 resistentes. Los pools de ADN se secuenciaron con una profundidad de cobertura de 50X. Las lecturas de secuencia se alinearon con un genoma de referencia y los pools se compararon para identificar SNPs asociados con la resistencia. Se identificaron veintiún SNPs significativos que destacaron una pequeña región genómica en el pseudo-cromosoma 3 (Chr 3), que contiene 12 genes candidatos de tres familias de genes: , , y . Los análisis funcionales revelaron un posible grupo de genes metabólicos relacionados con la biosíntesis de sacáridos en las regiones genómicas asociadas con la resistencia que podrían estar involucrados en la producción de un metabolito tóxico contra parásitos. La comparación con estudios genéticos previos confirmó la participación de Chr 3 en el control de la resistencia a ACGW.
Descripción
La avispa de la agalla del castaño asiático (ACGW) (Hymenoptera Yasumatsu) es una plaga severa del castaño dulce (Mill.) con un fuerte impacto en el crecimiento y la producción de nueces. Se realizó un ensayo de campo comparativo en el centro de Italia, que incluyó procedencias de España, Italia y Grecia, para evaluar la infestación por ACGW durante años consecutivos. La procedencia griega Hortiatis mostró una alta proporción de plantas inmunes y se utilizó para realizar un estudio de asociación a nivel genómico basado en la secuenciación de pools de ADN (Pool-GWAS) comparando dos pools de ADN de 25 plantas susceptibles y 25 resistentes. Los pools de ADN se secuenciaron con una profundidad de cobertura de 50X. Las lecturas de secuencia se alinearon con un genoma de referencia y los pools se compararon para identificar SNPs asociados con la resistencia. Se identificaron veintiún SNPs significativos que destacaron una pequeña región genómica en el pseudo-cromosoma 3 (Chr 3), que contiene 12 genes candidatos de tres familias de genes: , , y . Los análisis funcionales revelaron un posible grupo de genes metabólicos relacionados con la biosíntesis de sacáridos en las regiones genómicas asociadas con la resistencia que podrían estar involucrados en la producción de un metabolito tóxico contra parásitos. La comparación con estudios genéticos previos confirmó la participación de Chr 3 en el control de la resistencia a ACGW.