La investigación epigenética ha avanzado notablemente en los últimos años, sin embargo, nuestra capacidad para explorar el cerebro humano a nivel celular sigue siendo limitada. Uno de los principales obstáculos ha sido la dificultad de aislar poblaciones neuronales específicas de tejido post mortem, en particular interneuronas, que desempeñan un papel central en muchos trastornos psiquiátricos. En este estudio, presentamos un protocolo práctico y reproducible para aislar interneuronas GAD-positivas a partir de muestras de cerebro humano. Aislamos estructuras celulares permeabilizadas adecuadas para análisis epigenético posterior. Para garantizar la especificidad, validamos las células aisladas comparándolas con interneuronas derivadas de iPSC humanas. Este enfoque permite la extracción de ADN de alta calidad adecuado para análisis epigenético posterior, incluida la PCR específica de metilación. Al dirigirse a un subtipo neuronal bien definido, nuestro método proporciona una base sólida para estudiar los cambios moleculares asociados con trastornos como la esquizofrenia y el autismo. Este protocolo abre nuevas puertas para investigaciones específicas de células en tejido cerebral, un paso adelante en la comprensión de cómo los mecanismos epigenéticos contribuyen a la fisiopatología neuropsiquiátrica.