Los efectos del cultivo asociado en los genes de resistencia a antibióticos (ARGs) del suelo y la composición microbiana asociada han permanecido en gran medida poco claros hasta ahora. En este estudio, evaluamos los cambios en el microbioma del suelo y las frecuencias de ARGs para suelos de cultivo de tomate que fueron cultivados en compañía de albahaca (TB) o cilantro (TC) utilizando un enfoque de metagenoma. La abundancia del fitopatógeno fue significativamente menor en los tratamientos de TC o TB en comparación con los suelos de monocultivo de tomate (TT). Se observó un enriquecimiento significativo de y y una disminución de y en el tratamiento de TC. Interesantemente, tanto el cultivo asociado de TC como de TB redujeron la abundancia absoluta y el número de subtipos de ARGs. El suelo de TC mostró el menor número de subtipos de ARG únicos, especialmente los ARGs resistentes a vancomicina y rifamicina, así como aquellos asociados con resistencia a múltiples fármacos. Además, el análisis de red reveló además que y eran posibles hospedadores de ARGs, mientras que mostraba una correlación negativa con , lo que sugiere un efecto supresor en la reducción de ARGs. En conjunto, nuestros resultados sugieren que el cultivo asociado de tomates con albahaca o cilantro puede reducir el riesgo de acumulación de ARGs, convirtiéndolo en una herramienta de manejo agrícola factible para promover la salud del suelo y de las plantas en la agricultura sostenible.