Los desechos de estiércol de vaca son una fuente importante de nutrientes para los cultivos pero también pueden contribuir a las emisiones de amoníaco (NH) y gases de efecto invernadero (GEI). Mientras que la incorporación de estiércol en el suelo reduce el potencial de pérdida de nutrientes en el escurrimiento superficial, los impactos en los GEI no están claros. Aquí, nuestro objetivo fue cuantificar las emisiones de NH, óxido nitroso (NO), metano (CH) y dióxido de carbono (CO) durante dos temporadas después de que se aplicara estiércol líquido de vaca en primavera a un sistema de cultivo de maíz con cultivos de cobertura de invierno vivos con diferentes métodos de incorporación. La aplicación por difusión y los controles sin estiércol se compararon con el estiércol incorporado por labranza vertical (VT) o arado de reja (CP). Los rendimientos de maíz no difirieron en 2018 pero fueron mayores para CP en 2019. Las emisiones medias de NH para VT fueron del 70 y 23% de la difusión y del 7 y 11% de la difusión para CP en 2018 y 2019, respectivamente. Mientras que los flujos de NO-N para VT también fueron aproximadamente un 70% menores que para la difusión en ambos años, los flujos de CO fueron mayores para VT. En promedio, CP y VT tuvieron valores de índice de potencial de calentamiento global (PCG) un 16 y un 4% más bajos que la difusión, respectivamente. A pesar de los efectos diferentes en NO, nuestros resultados mostraron que CP conservaba más eficazmente el NH mientras reducía el PCG del estiércol líquido en comparación con VT, subrayando la importancia de las interacciones suelo-estiércol-labranza específicas del sitio al cuantificar las emisiones de GEI del sistema lechero.