Las prácticas convencionales de manejo del agua y los fertilizantes han llevado a una mayor emisión de gases de efecto invernadero en los campos de arroz y a una disminución en la eficiencia de la utilización del agua y los fertilizantes en tierras agrícolas. La implementación de riego que ahorra agua y la sustitución de fertilizantes químicos por alternativas orgánicas pueden influir en las emisiones de CH y NO en los campos de arroz. Sin embargo, aún no está claro cómo la aplicación simultánea de ambos métodos afectará a las emisiones de CH y NO en los campos de arroz. Por lo tanto, se establecieron dos métodos de riego (F: riego por inundación; C: riego controlado) y tres modos de fertilización (A: fertilizante químico completo; B: fertilizante bio-orgánico que reemplaza el 15% del fertilizante de nitrógeno químico; C: fertilizante bio-orgánico que reemplaza el 30% del fertilizante de nitrógeno químico) a través de experimentos de campo para explorar el efecto de la reducción de emisiones de gases de efecto invernadero en los campos de arroz mediante la combinación de riego controlado y fertilizantes bio-orgánicos. Sustituir algunos fertilizantes químicos con fertilizantes bio-orgánicos puede reducir los picos de emisión de CH y NO en los campos de arroz, lo que lleva a una disminución en las emisiones acumulativas de CH y NO en un 11,9~29,7% y 10,8~57,3%, respectivamente. Las reducciones llevaron a una disminución considerable del potencial de calentamiento global (GWP) y de la intensidad de emisión de gases de efecto invernadero (GHGI) en un 16,1~48,1% y 16,3~48,1%, respectivamente. El riego controlado redujo significativamente las emisiones de CH en un 55,2~69,4% en comparación con el riego por inundación en los campos de arroz. Sin embargo, también aumentó las emisiones de NO en un 47,5~207,9%, reduciendo considerablemente sus GWP en un 11,8~45,5%. Ni la sustitución de fertilizantes bio-orgánicos ni el riego controlado afectaron significativamente el rendimiento del arroz. Reemplazar el 15% de los fertilizantes de nitrógeno químico con fertilizantes bio-orgánicos en campos de arroz con riego controlado puede minimizar el GWP y el GHGI del arroz. Los resultados del estudio son de gran importancia para mejorar la regulación de los gases de efecto invernadero en tierras de cultivo y lograr una agricultura sostenible a través de una producción más limpia.