Cultivar beneficios ecológicos en sistemas agrícolas a través de la reducción de emisiones de gases de efecto invernadero ofrecerá beneficios económicos adicionales para los agricultores. Los estudios reportados confirmaron que la aplicación de fertilizantes orgánicos podría promover la captura de carbono en el suelo y mitigar las emisiones de gases de efecto invernadero bajo prácticas de labranza adecuadas en un corto período de tiempo. Aquí, se realizó un experimento de campo utilizando un diseño de bloques aleatorizados de dos factores (fertilizantes orgánicos y prácticas de labranza) con cinco tratamientos. Los resultados mostraron que la aplicación de fertilizantes microbianos conservó el calor y la humedad del suelo, reduciendo significativamente las emisiones de CO2 (6.9-18.9%) y las de flujos de N2O y CH4 durante las temporadas de maíz, en comparación con la aplicación de fertilizantes químicos. Aunque la labranza profunda aumentó las emisiones totales de CO2 en un 4.9-37.7%, no tuvo un efecto significativo en las emisiones de N2O y CH4. La aplicación de fertilizante orgánico microbiano aumentó el rendimiento del maíz en un 21.5%, pero tuvo poco efecto en el rendimiento del trigo. En general, la aplicación de fertilizantes microbianos redujo significativamente las emisiones de GHG del suelo y, al mismo tiempo, aumentó el rendimiento bajo diversas prácticas de labranza en un corto período de tiempo. Con esto, era fundamental que el fertilizante microbiano se estudiara cuidadosamente para su aplicación en sistemas de cultivo de trigo-maíz.