El uso excesivo de fertilizantes nitrogenados en la agricultura a menudo conduce a impactos ecológicos y ganancias de producción negativas. Las alteraciones en las propiedades físicas y químicas y la estructura de la comunidad microbiana de los suelos agrícolas son tanto la causa como la consecuencia de este proceso. Este estudio exploró la perturbación de las propiedades del suelo y los microorganismos en suelos agrícolas por diferentes niveles de nitrógeno. El nitrógeno total del suelo, el fósforo total y el potasio total disminuyeron en la capa superficial del suelo con la disminución del nitrógeno. Los cambios en el nitrógeno afectaron a la materia orgánica del suelo, al pH, a la densidad aparente y al contenido de agua. Sin embargo, una reducción moderada en el nitrógeno no causó una pérdida significativa de rendimiento; la mayor eficiencia en el uso del nitrógeno fue la principal razón, atribuida al fósforo y potasio disponibles. Los cambios a corto plazo en el nitrógeno tuvieron efectos limitados en la estructura de la comunidad microbiana del suelo. Las bacterias fueron más susceptibles a la perturbación por los cambios en el nitrógeno. La reducción de nitrógeno aumentó la abundancia relativa de MND1 (1,21%), RB41 (1,96%) y Sphingomonas (0,72%) y disminuyó Dongia (0,3%), Chaetomium (0,41%) y Penicillium (0,5%). La reducción de nitrógeno aumentó significativamente la composición funcional de las bacterias de oxidación de amonio aeróbico (4,20%) y nitrificación (4,10%) y redujo la quimioheterotrofía (2,70%) y la fermentación (4,08%). El fósforo disponible específicamente impulsó la variación en la estructura de la comunidad bacteriana en las capas superficiales del suelo de los tratamientos de reducción moderada de nitrógeno. Steroidobacter, RB41, Gemmatimonas, Ellin6067, Haliangium y Sphingomonas fueron los principales nodos componentes en esta estructura de la comunidad. Estos resultados proporcionan información sobre el estudio del nitrógeno y los microorganismos en los suelos agrícolas.