En las últimas décadas, la calidad de los suelos agrícolas se ha visto seriamente afectada por la aplicación excesiva de pesticidas, siendo los herbicidas uno de los más abundantes. El uso continuo de herbicidas altera la comunidad microbiana del suelo y las interacciones beneficiosas entre plantas y bacterias, como la simbiosis legumbre-rizobios, causando una disminución en la fijación biológica de nitrógeno, que es esencial para la fertilidad del suelo. Por lo tanto, el objetivo de este trabajo fue estudiar el efecto de dos herbicidas de uso común (pendimetalina y clethodim) sobre la simbiosis legumbre-rizobios para mejorar la efectividad de este proceso. Las plantas cultivadas en macetas con una mezcla de suelo:perlita (3:1) mostraron una inhibición del 44% en la tasa de fijación de nitrógeno con pendimetalina. Sin embargo, clethodim, utilizado específicamente contra monocotiledóneas, no indujo diferencias significativas. Además, analizamos el efecto de los herbicidas en la composición de exudados radiculares, detectando alteraciones que podrían estar interfiriendo con el establecimiento de la simbiosis. Con el fin de evaluar el efecto de los herbicidas en los primeros pasos de nodulación, se realizaron cinéticas de nodulación en plantas inoculadas. Clethodim causó una reducción del 30% en la nodulación, mientras que pendimetalina inhibió totalmente la nodulación, produciendo una reducción en el crecimiento y la motilidad bacteriana también. En conclusión, la aplicación de pendimetalina y clethodim redujo la capacidad de fijar nitrógeno al inhibir el crecimiento radicular y modificar la composición de los exudados radiculares, así como la aptitud bacteriana. Así, se debería abordar una reducción en el uso de estos herbicidas en estos cultivos para favorecer un estado de fertilización natural del suelo a través de una mayor eficiencia de los cultivos leguminosos.