La metilación del ADN representa una modificación epigenética predominante con amplias implicaciones en diversas funciones biológicas. Su papel es particularmente significativo en el proceso de deposición de colágeno, un aspecto fundamental del desarrollo dérmico en los burros. A pesar de su participación crítica, los conocimientos mecanicistas sobre cómo la metilación del ADN influye en la deposición de colágeno en la piel de burro siguen siendo limitados. En este estudio, empleamos la secuenciación de bisulfito de genoma completo (WGBS) y la secuenciación de ARN (RNA-seq) para investigar el paisaje epigenético y los perfiles de expresión génica en los tejidos de piel dorsal de burros Dezhou a través de tres etapas de desarrollo: embrionaria (YD), juvenil (2 años, MD) y madura (8 años, OD). Nuestro análisis identificó numerosos genes diferencialmente metilados que desempeñan roles fundamentales en la deposición de colágeno en la piel y la maduración general de la piel, incluyendo, entre otros, . Notablemente, observamos una relación inversa entre la expresión génica y la metilación del ADN cercana a los sitios de inicio de transcripción (TSS), mientras que se detectó una correlación directa en regiones cercanas a los sitios de terminación de transcripción (TTS). Los análisis detallados de secuenciación de bisulfito de la región del promotor revelaron un bajo estado de metilación durante la etapa embrionaria, correlacionándose con una elevada actividad transcripcional y niveles de expresión génica. En conjunto, nuestros hallazgos elucidan marcadores genéticos clave asociados con la deposición de colágeno en la piel de burros Dezhou, subrayando el importante papel regulador de la metilación del ADN. Este trabajo de investigación contribuye al conocimiento fundamental necesario para la mejora genética y la cría selectiva de burros Dezhou, con el objetivo de mejorar los atributos de calidad de la piel.