Kanagawa y Hokkaido se vieron afectados por COVID-19 en la etapa inicial de la pandemia. La respuesta inicial de Japón incluyó el rastreo de contactos y el análisis de PCR en cualquier persona que se sospechara que había estado expuesta al SARS-CoV-2. En este estudio retrospectivo, analizamos datos de registro de COVID-19 disponibles públicamente de Kanagawa y Hokkaido (n = 4392). Se realizó un análisis de red utilizando el modelo de gráfico aleatorio exponencial (ERGM) para examinar las homofilia demográfica y sintomática. Se observaron homofilia por edad, estado sintomático y asintomático en ambas prefecturas. Las homofilia sintomáticas sugieren que diferencias genéticas matizadas en el virus pueden afectar su rango de tipos de células epiteliales y pueden resultar en la diversidad de síntomas observados en individuos infectados por SARS-CoV-2. Variables ambientales como la temperatura y la humedad también pueden desempeñar un papel en la patogénesis general del virus. Se observó un mayor nivel de transmisión asintomática en Kanagawa. Además, se demostró que los pacientes que contrajeron el virus a través de contactos secundarios o terciarios eran asintomáticos con más frecuencia que aquellos que lo contrajeron de casos primarios. Adicionalmente, la mayoría de las transmisiones se detuvieron en los niveles primario y secundario. Como era de esperar, se observó una transmisión viral significativa en entornos de atención médica.