La sequía afecta gravemente el crecimiento y la producción de nuez de pecán, mientras que los genes que confieren adaptación a la sequía aún no se han elucidado completamente. Aquí, se realizó una exploración en profundidad de los dos proyectos diferentes de RNA-seq sobre el estrés por sequía (designados como P1 y P2) a través del análisis de red de coexpresión génica ponderada. Para los dos proyectos, existía un par de módulos (el módulo turquesa P1 y el módulo azul P2) que probablemente estaban asociados con la resistencia a la sequía, ya que ambos módulos emparejados mostraron un perfil de expresión incrementado con el aumento del estrés por escasez de agua y fueron anotados como involucrados en la respuesta al estrés oxidativo y las vías de señalización del ácido abscísico y el ácido jasmonico. Había 441 y 1258 genes centrales en el módulo turquesa P1 y el módulo azul P2, respectivamente, de los cuales 140 se superpusieron y, por lo tanto, fueron reconocidos como genes centrales responsables de la respuesta a la sequía. Se llevó a cabo un experimento adicional de estrés por sequía para la validación de RT-qPCR, y los resultados mostraron que los 20 genes centrales seleccionados para la detección fueron altamente responsivos a la falta de agua. En conjunto, nuestros resultados serán útiles para comprender el mecanismo molecular de la respuesta a la sequía y mejorar la resistencia a la sequía en la nuez de pecán.