En este estudio, se construyeron y secuenciaron bibliotecas de sRNA y mRNA de los folículos pilosos (FP) de la enfermedad de la lengua azul utilizando un Illumina HiSeq 2500, y se obtuvieron los perfiles de expresión de miARN y genes en los FP de la enfermedad de la lengua azul en las etapas anágena y catágena. En total, se identificaron 565 genes únicos expresados diferencialmente (DEGs), de los cuales 90 estaban regulados al alza y 475 regulados a la baja. En la categoría de procesos biológicos (BP) del enriquecimiento de GO, los DEGs se enriquecieron en los procesos relacionados con el desarrollo y la diferenciación de los FP, incluyendo la regulación del ciclo del cabello y procesos, el desarrollo de FP, el desarrollo de la epidermis de la piel, la regulación del desarrollo de FP, el desarrollo de la piel, la vía de señalización Wnt y la vía de señalización BMP. A través del análisis de KEGG se encontró que los DEGs estaban significativamente enriquecidos en vías asociadas con el desarrollo y crecimiento de los FP. Se seleccionaron un total de 186 miARNs expresados diferencialmente (DEmiARNs) ( < 0.05) en los FP de la enfermedad de la lengua azul en la etapa anágena frente a la etapa catágena, de los cuales 33 estaban regulados al alza y 153 regulados a la baja. A través del análisis de asociación DEmiRNA-mRNA, encontramos DEmiARNs y genes objetivo que desempeñan principalmente roles regulatorios en el desarrollo y crecimiento de los FP. El análisis de enriquecimiento de los genes objetivo de DEmiARN reveló similitudes con los resultados de enriquecimiento de los DEGs asociados con el desarrollo de FP. Notablemente, ambos conjuntos de genes se enriquecieron en vías clave como la vía de señalización Notch, la melanogénesis, la vía de señalización cAMP y cGMP-PKG. Para validar nuestros hallazgos, seleccionamos 11 DEGs y 11 DEmiARNs para la verificación experimental utilizando RT-qPCR. Los resultados de la validación experimental fueron consistentes con los resultados de RNA-Seq.