MiR396 desempeña un papel esencial en varios procesos de desarrollo. Sin embargo, la red molecular miR396-mRNA en la diferenciación del tejido vascular del bambú durante el engrosamiento primario no ha sido elucidada. Aquí, revelamos que tres de los cinco miembros de la familia miR396 estaban sobreexpresados en los brotes subterráneos engrosados recolectados de bambú Moso. Además, los genes objetivo predichos estaban regulados al alza/baja en las muestras de desarrollo temprano (S2), medio (S3) y tardío (S4). Mecanísticamente, encontramos que varios de los genes que codifican quinasas de proteínas (PKs), factores de regulación del crecimiento (GRF), factores de transcripción (TFs) y reguladores de transcripción (TRs) eran los posibles objetivos de los miembros de miR396. Además, identificamos dominios QLQ (Gln, Leu, Gln) y WRC (Trp, Arg, Cys) en cinco homólogos y un dominio Lipase_3 y un dominio K_trans en otros dos posibles objetivos, donde los objetivos de escisión fueron identificados a través de secuenciación de degradoma (< 0.05). La alineación de secuencias indicó muchas mutaciones en la secuencia precursora de miR396d entre el bambú Moso y el arroz. Nuestro ensayo de dual-luciferasa reveló que ped-miR396d-5p se une a un homólogo. Así, el módulo miR396-GRF estaba asociado con el desarrollo de brotes de bambú Moso. La hibridación fluorescente in situ localizó miR396 en los tejidos vasculares de las hojas, tallos y raíces de plántulas de bambú Moso de dos meses de edad. En conjunto, estos experimentos revelaron que miR396 funciona como un regulador de la diferenciación del tejido vascular en el bambú Moso. Además, proponemos que los miembros de miR396 son objetivos para la mejora y el cultivo del bambú.