La variabilidad de las muestras de agua ambiental impacta en la posibilidad de que un método sea universalmente ideal para todos los tipos y volúmenes de agua. Las aguas superficiales y regeneradas pueden ser utilizadas para el riego de cultivos y pueden ser consideradas aguas de riego no tradicionales, ya que estos tipos de agua pueden estar asociados con un mayor riesgo de contaminación microbiana en comparación con las aguas subterráneas. Estas aguas suelen ser más complejas microbiológica y químicamente que las aguas subterráneas y tienen un mayor riesgo de contaminación viral. Para detectar virus en estos tipos de agua, se pueden realizar un número infinito de variaciones a los métodos de recuperación tradicionales. Este protocolo se desarrolló basado en un método comúnmente utilizado de adsorción y elución de virus (VIRADEL). Se incluyeron pasos adicionales para simplificar y reducir eficientemente las partículas en el concentrado viral y eliminar el ADN de los ácidos nucleicos eluídos antes de la detección. Las modificaciones del método permiten procesar volúmenes de hasta 40 litros con una recuperación consistente de virus entéricos incluyendo el virus Aichi, el virus de la hepatitis A y los norovirus pertenecientes a los genogrupos GI y GII. No se observó inhibición en ninguna de las muestras de agua superficial o regenerada. Este protocolo podría ser utilizado en la monitorización de una amplia variedad de fuentes de agua de riego a lo largo de los procesos de riego.