El cerdo Tunchang es una población de cerdo de Hainan en la provincia de Hainan, China, con características de carne deliciosa, fuerte adaptabilidad y alta resistencia a enfermedades. Para explorar la diversidad genética y la estructura poblacional de los cerdos Tunchang y descubrir sus características de germoplasma, se re-secuenciaron 10 cerdos Tunchang no relacionados utilizando la plataforma Illumina NovaSeq de 150 bp de extremo emparejado con una profundidad promedio de 10x. Se descargaron datos de secuenciación de 36 individuos de 7 razas de cerdos adicionales (incluyendo 4 razas locales chinas (5 Jinhua, 5 Meishan, 5 Rongchang y 6 Wuzhishan), y 3 razas comerciales comúnmente utilizadas (5 Duroc, 5 Landrace y 5 Large White)) de la base de datos pública de NCBI. Después del análisis de diversidad genética y estructura poblacional, se ha encontrado que en comparación con los cerdos comerciales, los cerdos Tunchang tienen una mayor diversidad genética y están genéticamente cerca de las razas nativas chinas. Se utilizaron tres métodos, F, y XP-EHH, para detectar señales de selección para tres razas de cerdos: Tunchang, Duroc y Landrace. Se seleccionaron un total de 2117 regiones significativamente seleccionadas y 201 genes candidatos. El análisis de enriquecimiento génico mostró que los genes candidatos estaban principalmente asociados con buena adaptabilidad, resistencia a enfermedades y rasgos de metabolismo de lípidos. Finalmente, se realizó un cribado adicional para identificar genes candidatos potenciales relacionados con rasgos fenotípicos, incluyendo calidad de la carne, regulación inmune, crecimiento y desarrollo, reproducción, visión, metabolismo energético, migración celular y olfato. En resumen, nuestros resultados de investigación proporcionan una visión genómica de la variación genética, la diversidad genética y la estructura poblacional de la población de cerdos Tunchang, lo que será valioso para la cría y conservación de los cerdos Tunchang en el futuro.