En este estudio, analizamos el efecto de la selección mediada por humanos en el acervo genético de las poblaciones de ciervos rojos salvajes y de granja, basado en datos de genotipado por secuenciación. La muestra de ciervos rojos de granja abarcó poblaciones distribuidas en siete países y dos continentes (Francia, Alemania, Hungría, Letonia, Nueva Zelanda, Polonia y Eslovaquia). Las poblaciones de ciervos rojos salvajes de Eslovaquia y España (esta última en una gran finca de caza) se utilizaron como grupos de control. La intensidad del flujo genético, la relación y la mezcla entre poblaciones se probaron mediante el enfoque bayesiano y el análisis discriminante de componentes principales (DAPC). La mayor diversidad genética ( = 0.19) y el menor endogamia genómica ( = 0.04) encontrados en la población salvaje de Eslovaquia confirmaron nuestra hipótesis de que la selección artificial acompañada de cuellos de botella ha llevado al aumento de la homocigosis genómica en general. El enfoque bayesiano y el DAPC identificaron consistentemente tres grupos genéticos separados. Como se esperaba, las poblaciones de granja se agruparon juntas, mientras que las poblaciones de Eslovaquia y España formaron dos clústeres separados. Las trazas de mezcla genética identificadas en el acervo genético de las poblaciones de granja reflejaron una fuerte tasa de migración contemporánea entre ellas. Este estudio sugiere que, incluso si la historia de la cría de ciervos ha sido más corta que la de las especies de ganado tradicionales, puede dejar huellas significativas en la estructura del genoma.