Para asegurar la trazabilidad a lo largo de las cadenas de suministro de productos alimenticios, la variabilidad espaciotemporal de las huellas de elementos traza (TEF) en los otolitos de los peces proporciona una herramienta poderosa para determinar y discriminar el origen. La variabilidad espaciotemporal de los TEF se examinó en un marisco de importancia comercial, la anguila japonesa, mediante espectrometría de masas con plasma acoplado inductivamente por ablación láser (LA-ICPMS). Se determinaron seis relaciones elementales (Na:Ca, Mg:Ca, P:Ca, K:Ca, Sr:Ca y Ba:Ca) en los otolitos de especímenes provenientes de cuatro granjas de acuicultura para examinar la variabilidad espacial y de un hábitat silvestre durante tres años para examinar la variación temporal. Se encontró una variación temporal significativa en las relaciones Mg:Ca y Sr:Ca; sin embargo, el análisis de función discriminante mostró una menor variación temporal (50%) durante los tres años. Las variaciones espaciales fueron significativas en las relaciones Sr:Ca y Ba:Ca, y el análisis de función discriminante mostró una alta variación espacial (80%) entre las cuatro granjas. Los TEF de los otolitos en la anguila japonesa mostraron una variación espacial específica entre las granjas de acuicultura, pero una variación temporal intangible, lo que sugiere que los TEF de los otolitos reflejan cada entorno de acuicultura. El presente estudio muestra que los TEF de los otolitos pueden ser una herramienta confiable para discriminar el origen geográfico de la anguila japonesa.