Las simbiosis con microorganismos del suelo son centrales en la formación de la diversidad y productividad de las plantas terrestres y proporcionan protección contra una diversidad de estrés, incluida la toxicidad por metales. Los hongos micorrízicos arbusculares (HMA) pueden formar extensas redes miceliales extraradicales (RME), que son muy eficientes en la colonización de un nuevo huésped. Cuantificamos las respuestas de los transcriptomas de trigo y un socio HMA a la perturbación del suelo (No perturbado vs. Perturbado) y a dos especies micotróficas precedentes. La perturbación del suelo y las especies vegetales precedentes generan diferentes comunidades de HMA en las raíces de trigo, lo que resulta en una tolerancia diferencial a la toxicidad por manganeso (Mn) en el suelo. La perturbación del suelo impactó negativamente el crecimiento del trigo bajo toxicidad por manganeso, probablemente debido a la interrupción de la RME, y activó un gran número de genes relacionados con el estrés y la inanición. El tratamiento, que induce una mayor protección contra el Mn en el trigo, activó procesos relacionados con la división celular y el crecimiento, y muy pocos relacionados con el estrés. El tratamiento indujo principalmente genes relacionados con el estrés oxidativo, la protección contra enfermedades y la unión de iones metálicos. La división celular y el intercambio molecular entre el núcleo y el citoplasma se incrementaron. Estos hallazgos son altamente relevantes para sistemas agrícolas sostenibles, al considerar una simbiosis adecuada para el propósito.