La presencia de hidrocarburos aromáticos policíclicos (HAP) en el suelo representa una preocupación ambiental global significativa, particularmente en humedales costeros. Los ecosistemas de manglares exhiben un enorme potencial en la purificación ambiental; sin embargo, los mecanismos subyacentes involucrados en la degradación de contaminantes (por ejemplo, HAP) siguen siendo ambiguos. En la presente investigación, se realizó un experimento en macetas de suelo con la adición de pireno para evaluar el efecto de la pérdida radial de oxígeno (PRO) de las raíces en la degradación de HAP utilizando tres plántulas de manglar. Los resultados mostraron que la plantación de manglares puede promover significativamente la eficiencia de eliminación de pireno. En cuanto a las tres especies de manglar estudiadas, la mayor tasa de eliminación (90.75%) se observó en los suelos asociados con una especie, seguida de otra (83.83%) y otra más (77.15%). La mayor eficiencia de eliminación de HAP puede atribuirse parcialmente a su estructura anatómica de raíz distintiva, caracterizada por una exodermis delgada y alta porosidad, lo que facilita la PRO de las raíces. Los resultados de qPCR demuestran además que la PRO es beneficiosa para promover la abundancia del gen dioxygenasa hidroxilante de anillos de HAP, lo que conduce a una mayor eficiencia de eliminación. Además, Rhizobiales, Defferrisomatales y Ardenticatenales también pueden desempeñar roles importantes en el proceso de degradación del pireno. En resumen, este estudio proporciona evidencia para elucidar el mecanismo de eliminación de HAP desde la perspectiva de la PRO, contribuyendo así con valiosos conocimientos para la selección de especies durante la restauración y remediación de manglares.