Radio de seguridad estocástico en UPGMA
Autores: Yoshida, Ruriko; Paul, Lillian; Nesbitt, Peter
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2022
Acceso abierto
Artículo científico
2022
Radio de seguridad estocástico en UPGMA
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Ingeniería de Software
Palabras clave
Métodos basados en la distancia
árbol filogenético
UPGMA
Radio de seguridad estocástico
Experimentos computacionales
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
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Citaciones: Sin citaciones
UPGMA es uno de los métodos basados en distancias más populares para reconstruir un árbol filogenético equidistante a partir de una matriz de distancias calculada a partir de un alineamiento de secuencias. Dado que utilizamos árboles equidistantes como árboles génicos para análisis filogenómicos bajo el modelo de coalescencia de múltiples especies y dado que una matriz de distancias de entrada calculada a partir de un alineamiento de cada gen en un genoma se estima a través de estimadores de máxima verosimilitud, es importante realizar un análisis robusto sobre UPGMA. El radio de seguridad estocástico, introducido por Steel y Gascuel, proporciona un límite inferior para la probabilidad de que un método de reconstrucción de árboles filogenéticos devuelva la verdadera topología del árbol a partir de una matriz de distancias dada. En este artículo, calculamos el radio de seguridad estocástico de UPGMA para un árbol filogenético con hojas. Los experimentos computacionales muestran una brecha mejorada entre las probabilidades empíricas estimadas a partir de muestras aleatorias y la verdadera topología del árbol a partir de UPGMA, lo que aumenta la confianza en los resultados filogenéticos.
Descripción
UPGMA es uno de los métodos basados en distancias más populares para reconstruir un árbol filogenético equidistante a partir de una matriz de distancias calculada a partir de un alineamiento de secuencias. Dado que utilizamos árboles equidistantes como árboles génicos para análisis filogenómicos bajo el modelo de coalescencia de múltiples especies y dado que una matriz de distancias de entrada calculada a partir de un alineamiento de cada gen en un genoma se estima a través de estimadores de máxima verosimilitud, es importante realizar un análisis robusto sobre UPGMA. El radio de seguridad estocástico, introducido por Steel y Gascuel, proporciona un límite inferior para la probabilidad de que un método de reconstrucción de árboles filogenéticos devuelva la verdadera topología del árbol a partir de una matriz de distancias dada. En este artículo, calculamos el radio de seguridad estocástico de UPGMA para un árbol filogenético con hojas. Los experimentos computacionales muestran una brecha mejorada entre las probabilidades empíricas estimadas a partir de muestras aleatorias y la verdadera topología del árbol a partir de UPGMA, lo que aumenta la confianza en los resultados filogenéticos.