El mijo de cola de zorro es un cereal nutricional vital. El grano sin cáscara suele ser amarillo y contiene principalmente carotenoides, lo que refleja directamente la calidad del mijo. En este estudio, se determinó el impacto de la radiación ultravioleta-B (UV-B) en el color y el contenido de carotenoides del mijo utilizando dos variedades de mijo de cola de zorro, HuaJinZao (HJZ) y Qinhuang 2 (QH). El valor * en diferentes etapas del desarrollo del grano y el contenido de carotenoides (principalmente luteína y zeaxantina) en los granos de mijo de cola de zorro disminuyeron cuando las plantas estuvieron expuestas a una baja intensidad de UV-B. Se identificaron un total de 3113 y 96 genes diferencialmente expresados en HJZ y QH, respectivamente, y se encontraron asociados con el metabolismo del triptófano, almidón y sacarosa, así como la biosíntesis de aminoácidos, lo cual fue relativamente consistente con la anotación funcional de metabolitos diferenciales. Además, evaluamos los cambios en la expresión de siete y ocho genes asociados con el metabolismo de carotenoides y almidón, respectivamente, en los granos de mijo de cola de zorro expuestos a UV-B y encontramos que una intensidad adecuada de UV-B podría promover los niveles de expresión de genes involucrados en la síntesis de carotenoides y reprimir la expresión de genes involucrados en la degradación de carotenoides. Este estudio sienta las bases teóricas para cultivar nuevas variedades de mijo de cola de zorro con alto contenido de carotenoides.