El entorno de luz bajo el dosel en sistemas agroforestales es un factor limitante clave para el crecimiento de los cultivos intercalados. Sin embargo, el impacto de la heterogeneidad de la luz bajo el dosel en el rendimiento de los cultivos sigue siendo incierto. Este estudio se centró en sistemas de intercalado de manzanos/soja de 4 (Y4), 6 (Y6) y 8 (Y8) años con barreras de raíces, midiendo la radiación fotosintéticamente activa bajo el dosel, el rendimiento y los componentes del rendimiento en diferentes etapas fenológicas de la soja, y estableciendo una relación cuantitativa entre la heterogeneidad de la luz y el rendimiento de la soja. En el sistema de intercalado de manzana/soja, la heterogeneidad espacial de la radiación fotosintéticamente activa acumulada (APAR) es mayor en Y6, con la APAR dividida en cinco categorías paralelas a lo largo de las filas de árboles. Y4, que tenía la menor heterogeneidad espacial de APAR, se dividió en tres categorías. La APAR se dividió en dos clases en Y8. El número de semillas por planta y el peso de 100 semillas de soja disminuyeron con el aumento de la edad del árbol. En comparación con Y4, los rendimientos de los tratamientos Y6 y Y8 disminuyeron en un 22,6% y un 46,2%, respectivamente. La reducción en la APAR mostró un efecto negativo en el rendimiento y sus componentes de la soja, especialmente en Y4. La intensidad de sombreado y la heterogeneidad de la luz bajo el dosel limitaron conjuntamente el rendimiento de la soja intercalada; este efecto se fortaleció gradualmente con el aumento de la edad del árbol. Se deben tomar medidas diferentes según las edades de los árboles y las etapas de crecimiento de la soja en los sistemas de intercalado para reducir los efectos adversos de la luz bajo el dosel en el rendimiento de la soja.