El cultivo intercalado de huertos con cultivos de cobertura es una práctica importante para lograr una gestión sostenible del suelo. Sin embargo, se ha investigado poco sobre el desarrollo de un índice de calidad del suelo (SQI) para evaluar los efectos de los cultivos de cobertura en la calidad del suelo del huerto. El objetivo de este estudio fue determinar si el cultivo de cobertura mejora la calidad del suelo y el rendimiento de frutas de Goji ( L.) al tiempo que reduce o reemplaza la aplicación de fertilizantes orgánicos. Los tratamientos principales fueron el manejo tradicional como monocultivo (M) y el cultivo intercalado de Goji con rábano ( L.) como cultivo de cobertura anual (I). Dentro de los tratamientos principales, se aplicaron diferentes niveles de fertilizante orgánico a 0 kg·planta (M), 2 kg·planta (M) y 4 kg·planta (M). Después de seis años de siembra, analizamos los cambios en la calidad del suelo causados por el cultivo de cobertura con diferentes niveles de fertilizante orgánico basados en el método SQI. Los rendimientos de Goji se utilizaron para validar el SQI derivado de un conjunto mínimo de datos de indicadores de calidad del suelo. En contraste con el monocultivo tradicional, el cultivo de cobertura aumentó los contenidos totales de nitrógeno, nitrógeno disponible y fósforo disponible en el suelo (en un 78,60%, 30,30% y 138,08%, respectivamente). También hubo un aumento en los contenidos de carbono y nitrógeno de la biomasa microbiana (en un 79,01% y 184,01%, respectivamente), actividades mejoradas de ureasa y sucrasa (en un 41,02% y 56,81%, respectivamente) y una reducción en la densidad aparente (en un 1,92%) en el suelo como resultado del cultivo de cobertura. En comparación con el tratamiento IM, los contenidos de carbono y nitrógeno de la biomasa microbiana del suelo aumentaron considerablemente bajo el tratamiento IM, mientras que los contenidos de nitrógeno y potasio disponibles en el suelo, así como la conductividad eléctrica, aumentaron bajo el tratamiento IM. El SQI, que varió entre tratamientos en el orden IM > IM > MM > MM > IM > MM, se correlacionó positivamente con el rendimiento de Goji. Desde la perspectiva de la calidad del suelo y el rendimiento de Goji, el cultivo de cobertura con un nivel medio de fertilizante orgánico es la práctica óptima de gestión del suelo para el sistema de siembra en áreas áridas de Ningxia, en el noroeste de China.