La salinidad limita fuertemente el establecimiento de cultivos en regiones áridas y semiáridas, sin embargo, la dinámica de salinidad de los suelos arenosos, incluyendo cómo estas dinámicas se relacionan con la germinación y el crecimiento temprano, sigue siendo poco comprendida. Este estudio integró el monitoreo de conductividad eléctrica en masa in situ a múltiples profundidades, convertido en salinidad, para cuantificar las dinámicas de salinidad y evaluar sus efectos en dos genotipos de quinoa (KD y J009) cultivados bajo agua dulce (TR1), un pulso único de 200 mM de NaCl (TR2) o riego continuo de 200 mM de NaCl (TR3). La salinidad en la zona de semillas aumentó drásticamente tras el riego salino y disminuyó con el lavado, y la emergencia real comenzó cuando la salinidad cayó a aproximadamente 8.4-11 dS m. KD mostró una mayor tolerancia al aumento de salinidad, manteniendo aproximadamente el 85% de emergencia en comparación con el 55% en J009 bajo TR3, y exhibió un 17% de emergencia más rápida y una mayor recuperación de biomasa bajo TR2. El Na se acumuló principalmente en las hojas en KD pero predominantemente en los tallos en J009, que también experimentó una reducción del 25% en clorofila bajo salinidad continua, indicando una mayor inhibición fotosintética. Al vincular las fluctuaciones dinámicas de EC con respuestas fisiológicas específicas del genotipo, este estudio proporciona un enfoque novedoso para definir umbrales de salinidad, identificar sensibilidades en las etapas de crecimiento y mejorar la gestión de la salinidad en suelos arenosos propensos a la salinidad.