La anfotericina B es una sustancia fungicida, el tratamiento de elección para la mayoría de las infecciones fúngicas sistémicas que afectan, como la criptococosis, a pacientes inmunodeprimidos. Sin embargo, sus efectos secundarios graves han limitado la utilidad de este fármaco. El objetivo de este estudio fue evaluar el efecto antifúngico de la combinación de anfotericina B con quercetina o rutina, así como su efecto protector citotóxico. Se determinó la actividad antifúngica de la anfotericina B, la quercetina y la rutina, tanto solas como en combinación, en cepas de Candida sp. y Cryptococcus neoformans. La prueba de citotoxicidad en eritrocitos se realizó mediante absorbancia espectrofotométrica de hemoglobina. La CMI de la anfotericina B se redujo al utilizarse en combinación con quercetina o rutina frente a la cepa ATCC de C. neoformans, y al combinarse con rutina frente a un aislado clínico de C. neoformans. Además, la combinación de quercetina con anfotericina B puede reducir la toxicidad de esta última en los glóbulos rojos. Nuestros resultados sugieren que la quercetina y la rutina son agentes potenciales para combinar con anfotericina B con el fin de reducir la dosis de anfotericina, disminuir los efectos secundarios y mejorar la eficacia antifúngica.