El fracaso del tratamiento registrado entre pacientes y animales infectados con cepas diarreogénicas (DEC) aumentó debido a la presencia de marcadores de virulencia específicos entre estas cepas. Estos marcadores se utilizaron para clasificar las DEC en varios patotipos. Analizamos las correlaciones entre los patotipos DEC y las resistencias antimicrobianas, la existencia de genes de virulencia, serotipos y hospedadores. El patotipo ETEC se detectó con una alta tasa de prevalencia (25%). Además, los patotipos ETEC y EPEC estaban altamente asociados con infecciones humanas en contraste con los fenotipos EIEC y EAEC, que se reconocieron comúnmente entre los aislamientos animales. Curiosamente, la resistencia antimicrobiana se vio afectada por los patotipos. Con la excepción de EIEC y STEC, el imipenem representó el antibiótico más efectivo contra los otros patotipos. Hubo correlaciones fijas entre los patotipos DEC y la presencia de marcadores de virulencia y hospedadores; mientras tanto, su correlación con los serotipos fue variable. Además, la gran mayoría de nuestros aislamientos eran altamente diversos, basados tanto en técnicas de tipificación fenotípica como en técnicas de tipificación molecular ERIC. Nuestros resultados prometedores dieron una clara indicación de la heterogeneidad y débil clonalidad de los patotipos DEC en Egipto, que pueden ser utilizados en la evaluación de los protocolos terapéuticos actuales y las directrices de control de infecciones.