La blanqueabilidad es un rasgo a menudo pasado por alto, pero importante para el mejoramiento del maní. El proceso de blanquear, es decir, quitar la piel, es un paso importante en el procesamiento de los frutos secos crudos para la fabricación. Bajo un fuerte control genético y requiriendo un esfuerzo considerable para el fenotipado, la blanqueabilidad es propicia para la selección asistida por marcadores. Utilizamos la secuenciación de QTL (QTL-seq) para identificar dos QTL relacionados con la blanqueabilidad utilizando poblaciones de mejoramiento previamente fenotipadas. Para validar los QTL, mostramos que dos marcadores pueden seleccionar un aumento significativo en la blanqueabilidad en una población independiente de líneas recombinantes endocruzadas (RIL). Dos introgresiones silvestres que confieren una fuerte resistencia a enfermedades se segregaron en la población y se encontró que impactaban negativamente en la blanqueabilidad. Finalmente, mostramos que al utilizar pipelines de análisis de secuencias altamente precisos, la secuenciación de baja cobertura puede utilizarse para genotipar poblaciones enteras con mayor potencia y precisión. Este estudio resalta el potencial de explotar los datos de mejoramiento para identificar y desarrollar marcadores útiles para programas de mejora genética, y proporcionar herramientas poderosas para el mejoramiento de rasgos de procesamiento y calidad.