La enfermedad de la panícula sucia es una de las enfermedades más importantes que puede causar pérdidas de rendimiento en la producción de arroz. A pesar de la gravedad de la enfermedad, la base molecular de la resistencia al patógeno se comprende pobremente. Usando QTL-seq con una población F, identificamos tres regiones genómicas en los cromosomas 1, 9 y 10, a saber, , , y . Estas regiones están significativamente asociadas con la resistencia a la enfermedad de la panícula sucia causada por dos patógenos fúngicos, y . fue significativamente asociado solo con la resistencia a , mientras que y estaban significativamente asociados con tanto como . También desarrollamos marcadores KASP para cada QTL detectado y los validamos en la población F. Los marcadores pudieron explicar la variación fenotípica en un rango del 5.87 al 15.20%. Se propusieron doce genes candidatos potenciales con funciones anotadas como genes relacionados con la resistencia. Estos genes candidatos incluyen aquellos que codifican RLK, MATE, WAK, NBS-LRR, proteasa tipo subtilisina y proteínas con repeticiones de ankirina. Los resultados de este estudio proporcionan información sobre el mecanismo genético de las panículas sucias en el arroz y serán útiles para futuros programas de cría para la resistencia a la panícula sucia. Este es el primer informe de QTLs asociados con la resistencia a la enfermedad de la panícula sucia en el arroz.