El arroz es un cultivo alimentario básico que desempeña un papel fundamental en la seguridad alimentaria mundial, alimentando a más de la mitad de la población mundial. La salinidad del suelo es uno de los problemas globales más importantes que afecta la productividad del arroz. El estrés salino en la etapa de plántula inhibe el crecimiento de las raíces, afecta la absorción de nutrientes y agua, y afecta la vigorosidad general de la planta, lo que resulta en un establecimiento deficiente y un crecimiento reducido. Por lo tanto, adquirir tolerancia a la sal, especialmente en la etapa de plántula, es fundamental para una producción exitosa de arroz en áreas afectadas por la salinidad. En este estudio, se evaluaron 160 RILs derivados de un cruce entre Pokkali y KDML105 por su tolerancia a la sal en la etapa de plántula. El análisis de QTL-seq con esta población identificó nueve QTLs asociados con la tolerancia a la sal. A través de un examen exhaustivo de los efectos de las variantes de secuencia codificante de los 360 genes anotados dentro de los QTLs y la expresión génica bajo estrés salino, se priorizaron 47 genes candidatos. En particular, Os01g0200700 (proteína similar a metalotioneína) y Os12g0625000 (O-acetilserina (tiol)liasa) fueron sugeridos como candidatos potenciales basados en funciones anotadas y datos de expresión. Los resultados proporcionan información valiosa para mejorar la productividad y la resistencia del arroz bajo condiciones de estrés salino durante la etapa crítica de plántula.