La qPCR se utiliza ampliamente en estudios cuantitativos de genomas y transcriptomas de plantas. En este artículo, este método se considera como un paso auxiliar en la preparación y selección de marcadores para el análisis FISH. Se revisaron varios casos de la investigación de los autores sobre poblaciones de la misma especie, y se realizó una comparación de las especies estrechamente relacionadas, así como la adaptación de los marcadores, basándose en repeticiones en tándem de satélites (TRs) utilizando datos cuantitativos de qPCR. En los casos seleccionados, se identificaron TRs con abundancia contrastante en los casos de las especies, y se demostró la transferencia de TRs entre el trigo y especies relacionadas. Se revelaron TRs con variación en el número de copias intraespecífica en y en anfidiploides parciales de trigo y pasto de trigo, y se identificó el TR que mostró hibridación predominante con el cromosoma Y del espino marino. Además, se ilustraron problemas como la ausencia de un gen de referencia para qPCR, y cebadores de baja eficiencia y auto-complementarios. En los casos considerados aquí, los resultados de qPCR muestran claramente una alta correlación con los resultados posteriores del análisis FISH, lo que confirma el valor de este método para estudios citogenéticos.