A medida que la población mundial continúa creciendo, la demanda de alimentos alcanzará niveles que las prácticas agrícolas actuales no pueden satisfacer. Esta demanda proyectada combinada con los impactos negativos del cambio climático en la producción de cultivos requiere esfuerzos de cría más cuidadosos para desarrollar plantas mejor adaptadas y más tolerantes a las fluctuaciones climáticas. Afortunadamente, el desarrollo de técnicas de biología molecular como la secuenciación del genoma, transcriptoma y epigenoma ofrece ahora nuevos enfoques para ayudar a la cría clásica a enfrentar estos desafíos. Esta revisión se centra en el potencial de enfoques epigenéticos, particularmente la creación de marcadores epigenéticos (epi-marcadores) para guiar el proceso de selección en programas de cría. Muchos estudios han vinculado con éxito modificaciones epigenéticas estables a diferentes rasgos de interés en plantas, pero la investigación sobre la aplicabilidad de utilizar epi-marcadores en programas de cría aún es escasa. Esta revisión enfatiza el progreso actual que se ha logrado con respecto a la utilidad de los epi-marcadores en programas selectivos de cría de plantas y las lagunas de conocimiento que aún deben abordarse. Destaca la importancia de continuar los esfuerzos de investigación para confirmar el valor de los epi-marcadores para el desarrollo de cultivos en los próximos años para enfrentar los desafíos agrícolas del siglo XXI.