En el análisis de datos de redes, uno de los problemas importantes es determinar si dos conjuntos de redes provienen de la misma distribución. Este problema puede ser modelado en el marco de pruebas de hipótesis de dos muestras. Se han estudiado varios tests de dos muestras basados en grafos. Sin embargo, los métodos se centran principalmente en grafos binarios, y muchas redes del mundo real son ponderadas. En este artículo, aplicamos la verosimilitud empírica para probar la diferencia en dos poblaciones de redes ponderadas. Derivamos la distribución límite de la estadística de prueba bajo la hipótesis nula. Utilizamos experimentos de simulación para evaluar la potencia del método propuesto. Los resultados muestran que la prueba propuesta tiene un rendimiento satisfactorio. Luego, aplicamos el método propuesto a un conjunto de datos biológicos.