Los mamíferos pequeños son un grupo importante de vida silvestre que pueden transmitir patógenos a humanos y animales. Hay una falta de estudios comprensivos sobre los parásitos protozoarios del género en áreas agrícolas. El objetivo de la investigación actual fue evaluar la prevalencia de spp. e identificar las especies de parásitos encontradas en los músculos esqueléticos de roedores e insectívoros de huertos comerciales. Se examinaron un total de 679 muestras de músculo de mamíferos pequeños, principalmente roedores (n = 674), pertenecientes a ocho especies. Las muestras de músculo se agruparon, luego se digirieron y se confirmó la presencia de las especies mediante métodos moleculares. Los parásitos examinados se determinaron en cinco especies de roedores. La prevalencia de spp. fue baja: 2.23% en topillos y 0.79% en ratones. Basado en una comparación de secuencias de y rDNA, se identificaron cuatro especies: . , cf. , sp. Rod1 y sp. Rod2. Este es el primer informe de . en . , . , y . Las especies identificadas estaban más estrechamente relacionadas con spp. y fueron transmitidas por mamíferos y aves depredadoras. Se necesitan estudios futuros para describir las especies morfológicamente, así como para definir el espectro de hospedadores y evaluar su posible patogenicidad.