La microbiota gastrointestinal humana contiene un consorcio diverso de microbios, incluidos bacterias, protozoos, virus y hongos. A través de milenios de co-evolución, las interacciones entre el hospedador y la microbiota han moldeado el sistema inmunológico para tolerar y mantener la relación simbiótica con la microbiota comensal, al tiempo que ejercen respuestas protectoras contra patógenos invasores. La investigación sobre el microbioma está dominada por estudios que describen el impacto de las bacterias procariotas en la inmunidad intestinal, con una comprensión limitada de su relación con otros componentes integrales de la microbiota. Sin embargo, la evidencia convergente muestra que los organismos eucariotas, como los protozoos comensales, pueden desempeñar un papel importante en la modulación de las respuestas inmunitarias intestinales, así como en la influencia sobre la salud general del hospedador. La presencia de varias especies de protozoos ha demostrado ser una ocurrencia común en poblaciones saludables en todo el mundo, lo que sugiere que muchos de estos son comensales en lugar de patógenos invasores. Esta revisión tiene como objetivo discutir los hallazgos más recientes y conflictivos sobre el papel de los protozoos intestinales en la homeostasis intestinal, las interacciones entre los protozoos intestinales y la microbiota bacteriana, así como las posibles consecuencias inmunológicas de la colonización por protozoos.