La extracción eficiente de ADN de alta calidad de plantas es un desafío crítico en la investigación molecular, especialmente en especies como L., nativa de Perú, debido a la presencia de inhibidores como polisacáridos y compuestos fenólicos. Este estudio presenta un protocolo modificado basado en CTAB con columnas de sílice que está diseñado para superar estas limitaciones sin necesidad de nitrógeno líquido o reactivos costosos. Las muestras de algodón nativo fueron recolectadas en Lambayeque, Perú, y procesadas utilizando un procedimiento simplificado que optimiza la pureza y concentración del ADN extraído. Ocho cultivares de L. con fibras de colores (crema, fifo, marrón claro, marrón oscuro, marrón anaranjado, rojizo, rojizo fino y blanco) fueron evaluados, obteniendo ADN con relaciones A260/A280 entre 2,14 y 2,19 y relaciones A260/A230 entre 1,8 y 3,14; estos valores son más altos que los obtenidos con el método clásico de CTAB. La calidad del ADN fue validada mediante la amplificación por PCR utilizando marcadores moleculares ISSR y RAPD, que produjeron patrones de bandeo claros y bien definidos. Además, el ADN extraído fue adecuado para aplicaciones avanzadas, como la secuenciación de Sanger, con la que se obtuvieron electroferogramas de alta calidad. Los resultados demuestran que el protocolo propuesto es una alternativa eficiente, económica y adaptable para laboratorios con recursos limitados, permitiendo la extracción de ADN de alta calidad de L. y otras especies de plantas. Este enfoque simplificado facilita el desarrollo de la investigación genética y biotecnológica, contribuyendo al conocimiento y valorización de los recursos genéticos del algodón nativo peruano.