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Un protocolo para la construcción automática de modelos de metabolismo humano a escala genómica altamente curados

Autores: Marin de Mas, Igor; Herand, Helena; Carrasco, Jorge; Nielsen, Lars K.; Johansson, Pär I.

Idioma: Inglés

Editor: MDPI

Año: 2023

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Acceso abierto

Artículo científico
2023

Un protocolo para la construcción automática de modelos de metabolismo humano a escala genómica altamente curados


Categoría

Ingeniería y Tecnología

Subcategoría

Bioingeniería

Palabras clave

Modelos metabólicos a escala genómica
Metabolismo humano
Enfermedades
Ingeniería metabólica
Ayudados por algoritmos

Licencia

CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual

Consultas: 34

Citaciones: Sin citaciones


Descripción
Los modelos metabólicos a escala genómica (GEMs) han surgido como una herramienta para entender el metabolismo humano desde una perspectiva holística con alta relevancia en el estudio de muchas enfermedades y en la ingeniería metabólica de líneas celulares humanas. La construcción de GEMs se basa en procesos automatizados que carecen de refinamiento manual y resultan en modelos inexactos o en la curación manual, que es un proceso que consume mucho tiempo y limita la actualización continua de GEMs confiables. Aquí presentamos un protocolo novedoso asistido por algoritmos que supera estas limitaciones y facilita la actualización continua de GEMs altamente curados. El algoritmo permite la curación automática y/o expansión de GEMs existentes o genera una red metabólica altamente curada basada en información actual recuperada de múltiples bases de datos en tiempo real. Esta herramienta se aplicó a la última reconstrucción del metabolismo humano (Human1), generando una serie de GEMs humanos que mejoran y expanden el modelo de referencia y generando la reconstrucción general más extensa y completa del metabolismo humano hasta la fecha. La herramienta presentada aquí va más allá del estado actual del arte y allana el camino para la reconstrucción automática de un GEM altamente curado y actualizado con un alto potencial en biología computacional, así como en múltiples campos de la ciencia biológica donde el metabolismo es relevante.

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