El análisis molecular de muestras de tejido pequeñas o raras de pacientes es desafiante y a menudo está limitado por las tecnologías y recursos disponibles, como anticuerpos confiables contra una proteína de interés. Aunque los enfoques dirigidos proporcionan cierta información, aquí describimos el flujo de trabajo de dos enfoques complementarios de espectrometría de masas, que ofrecen un análisis más completo y no sesgado de las características moleculares del tejido de interés. La espectrometría de masas por imagen de ionización/desorción asistida por matriz (MALDI-MSI) genera mapas de intensidad espacial de características moleculares, que pueden correlacionarse fácilmente con la histología. Además, la espectrometría de masas en tándem por cromatografía líquida (LC-MS/MS) puede identificar y cuantificar proteínas de interés de una sección consecutiva del mismo tejido. Aquí presentamos datos de lesiones precancerosas concurrentes del endometrio y la trompa de Falopio de un solo paciente. Utilizando este enfoque complementario, monitoreamos la abundancia de cientos de proteínas dentro de las regiones precancerosas y saludables vecinas. El método descrito aquí representa una herramienta útil para maximizar la cantidad de datos moleculares adquiridos a partir de tamaños de muestra pequeños o incluso de un solo caso. Nuestros datos iniciales son indicativos de un fenotipo migratorio en estas lesiones y justifican una investigación adicional sobre sus capacidades malignas.