Protocolo Optimizado para la Extracción de ARN de Alta Calidad de las Pieles de Baya de Uva Usando Pre-Lavado con Sorbitol
Autores: Prencipe, Annalisa; Salerno, Antonella; D"Amico, Margherita; Marsico, Antonio Domenico; Ventura, Mario; Velasco, Riccardo; Cardone, Maria Francesca; Bergamini, Carlo; Maggiolini, Flavia Angela Maria
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2025
Acceso abierto
Artículo científico
2025
Protocolo Optimizado para la Extracción de ARN de Alta Calidad de las Pieles de Baya de Uva Usando Pre-Lavado con Sorbitol
Categoría
Ciencias Agrícolas y Biológicas
Subcategoría
Botánica
Palabras clave
Pieles de bayas de uva
Extracción de ARN
Polisacáridos
Polifenoles
Prelavado con sorbitol
Secuenciación de ARN
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 9
Citaciones: Sin citaciones
La extracción de ARN de alta calidad de las pieles de bayas de uva es un desafío debido a sus altos niveles de polisacáridos, compuestos fenólicos, azúcares y ácidos orgánicos, que pueden afectar negativamente la pureza y el rendimiento del ARN. De hecho, los polifenoles pueden unirse al ARN, los polisacáridos pueden co-precipitar, y los azúcares y ácidos orgánicos pueden interferir con las propiedades de pH e iónicas del tampón de extracción. Los kits comerciales ofrecen un método de extracción rápido, pero a menudo son ineficaces para las pieles de bayas de uva. De manera similar, los protocolos que funcionan bien para otros tejidos vegetales también son ineficaces y requieren mucho tiempo para este tejido. Para superar estas limitaciones, optimizamos la aislamiento de ARN añadiendo un paso de pre-lavado con sorbitol tanto a un protocolo no comercial como a un kit comercial. Nuestros resultados muestran que mejora significativamente el rendimiento y la calidad del ARN de las pieles de bayas de uva, aumentando la pureza e integridad del ARN, como lo evidencian los valores más altos de RIN (Número de Integridad del ARN) y mejores mediciones de Qubit y Nanodrop. La eficacia de la estrategia se validó aún más a través de la secuenciación de ARN, obteniendo lecturas de alta calidad con bajas tasas de error, adecuadas para estudios de expresión génica. Así, la incorporación de un paso de pre-lavado con sorbitol mejora el rendimiento y la calidad del ARN de las pieles de bayas de uva, haciéndolo adecuado para la secuenciación de alto rendimiento, y proporciona una herramienta confiable para avanzar en la investigación de la vid.
Descripción
La extracción de ARN de alta calidad de las pieles de bayas de uva es un desafío debido a sus altos niveles de polisacáridos, compuestos fenólicos, azúcares y ácidos orgánicos, que pueden afectar negativamente la pureza y el rendimiento del ARN. De hecho, los polifenoles pueden unirse al ARN, los polisacáridos pueden co-precipitar, y los azúcares y ácidos orgánicos pueden interferir con las propiedades de pH e iónicas del tampón de extracción. Los kits comerciales ofrecen un método de extracción rápido, pero a menudo son ineficaces para las pieles de bayas de uva. De manera similar, los protocolos que funcionan bien para otros tejidos vegetales también son ineficaces y requieren mucho tiempo para este tejido. Para superar estas limitaciones, optimizamos la aislamiento de ARN añadiendo un paso de pre-lavado con sorbitol tanto a un protocolo no comercial como a un kit comercial. Nuestros resultados muestran que mejora significativamente el rendimiento y la calidad del ARN de las pieles de bayas de uva, aumentando la pureza e integridad del ARN, como lo evidencian los valores más altos de RIN (Número de Integridad del ARN) y mejores mediciones de Qubit y Nanodrop. La eficacia de la estrategia se validó aún más a través de la secuenciación de ARN, obteniendo lecturas de alta calidad con bajas tasas de error, adecuadas para estudios de expresión génica. Así, la incorporación de un paso de pre-lavado con sorbitol mejora el rendimiento y la calidad del ARN de las pieles de bayas de uva, haciéndolo adecuado para la secuenciación de alto rendimiento, y proporciona una herramienta confiable para avanzar en la investigación de la vid.