Una planta de significativa importancia económica continúa enfrentando limitaciones para lograr una propagación a gran escala. La propagación in vitro ofrece una vía prometedora para la producción de plantas libres de enfermedades y la transformación genética de las peonías para incorporar rasgos novedosos. Sin embargo, persisten desafíos significativos en el cultivo de tejidos, particularmente en lo que respecta al coeficiente de reproducción de los brotes y el proceso de enraizamiento. Este estudio informa un protocolo eficaz para la micropropagación, centrándose en el desarrollo de raíces in vitro facilitado a través de la aplicación de floroglucinol (PG). Además, el estudio revela la firma molecular durante el desarrollo de raíces in vitro. Los resultados indican que el medio Y3 modificado (Y3M), suplementado con 1 mg/L de 6-benziladenina (BA) y 0.1 mg/L de ácido alfa-naftalenacético (NAA), es óptimo para la inducción de yemas adventicias, logrando una tasa de inducción del 96.67% y un promedio de 16.03 brotes adventicios por muestra. El porcentaje de elongación más alto (92.15%) y la longitud promedio de brote más larga (3.87 cm) se obtuvieron con Y3M que contenía 0.3 mg/L de BA y 0.03 mg/L de NAA. Además, el medio óptimo para inducir la formación de raíces se identificó como WPM suplementado con 3 mg/L de ácido indol-3-butírico (IBA) y 100 mg/L de floroglucinol (PG). La detección de contenido de lignina, la inspección microscópica y los resultados de la firma molecular demostraron que el PG mejoró la biosíntesis de lignina, promoviendo así el enraizamiento in vitro.