Las algas pardas son un grupo importante pero poco estudiado de organismos marinos multicelulares. Se han desarrollado diversas herramientas genéticas y genómicas para la alga parda modelo; esto incluye, más recientemente, la metodología de inmunoprecipitación de cromatina, que permite la detección y análisis a nivel genómico de modificaciones post-traduccionales de histonas. Las modificaciones post-traduccionales de las moléculas de histonas han demostrado desempeñar un papel importante en la regulación génica en organismos de otros linajes eucariotas principales, y esta metodología será, por lo tanto, una herramienta muy útil para investigar la función del genoma en las algas pardas. Este artículo proporciona una descripción detallada y paso a paso del protocolo de ChIP, que aborda eficazmente el difícil problema de extraer de manera eficiente la cromatina de células protegidas por una pared celular altamente resistente. El protocolo descrito aquí será una herramienta esencial para la futura aplicación de metodologías de análisis de cromatina en la investigación de algas pardas.