Protocolo basado en SDS optimizado para la extracción de ARN de alta calidad de spp
Autores: Saha, Kishan; Ihearahu, Onyinye C.; Naitchede, L. H. Stevenson; Ray, Supriyo; Ude, George
Idioma: Inglés
Editor: MDPI
Año: 2025
Acceso abierto
Artículo científico
2025
Protocolo basado en SDS optimizado para la extracción de ARN de alta calidad de spp
Categoría
Ingeniería y Tecnología
Subcategoría
Bioingeniería
Palabras clave
Polifenoles
Polisacáridos
Método de extracción de ARN
SDS
LiCl
Expresión génica
Licencia
CC BY-SA – Atribución – Compartir Igual
Consultas: 70
Citaciones: Sin citaciones
La alta cantidad de polifenoles y polisacáridos presentes en los tejidos de spp. a menudo conduce a la degradación de los ácidos nucleicos, razón por la cual todos los métodos previamente establecidos resultaron en un menor rendimiento y mala calidad de ARN. En este estudio, presentamos un método modificado de extracción de ARN basado en SDS para mejorar la calidad y el rendimiento de ARN de diferentes tejidos de spp. para aplicaciones posteriores. La modificación del tampón de extracción de ARN, SDS, incubación térmica y uso de LiCl resultó en bandas de ARN de alta intensidad y un aumento en el rendimiento de ARN. Las claras bandas de ARN ribosomal garantizaron la alta calidad de ARN intacto sin contaminación de ADN genómico, junto con relaciones A260/A280 y A260/A230 que oscilan entre 1.83 y 2.25, lo que indicaba la alta calidad de ARN en diferentes variedades de plátano y tipos de tejidos. Se encontró que este método era muy efectivo cuando se extrajo ARN de plantas estresadas por sequía, con un rendimiento de 2.92 a 6.30 ug/100 mg de peso fresco con alta integridad y calidad de ARN (RNA IQ) de 7.8-9.9 en los diferentes grupos de tejidos. Además, el ARN se aplicó con éxito en PCR y PCR en tiempo real cuantitativa (qRT-PCR), confirmando la aplicación posterior en el análisis de expresión génica. Este método es una técnica fiable y eficiente para los métodos de extracción de ARN como Trizol, NucleoSpin, RNeasy y los procedimientos de CTAB reportados hasta ahora.
Descripción
La alta cantidad de polifenoles y polisacáridos presentes en los tejidos de spp. a menudo conduce a la degradación de los ácidos nucleicos, razón por la cual todos los métodos previamente establecidos resultaron en un menor rendimiento y mala calidad de ARN. En este estudio, presentamos un método modificado de extracción de ARN basado en SDS para mejorar la calidad y el rendimiento de ARN de diferentes tejidos de spp. para aplicaciones posteriores. La modificación del tampón de extracción de ARN, SDS, incubación térmica y uso de LiCl resultó en bandas de ARN de alta intensidad y un aumento en el rendimiento de ARN. Las claras bandas de ARN ribosomal garantizaron la alta calidad de ARN intacto sin contaminación de ADN genómico, junto con relaciones A260/A280 y A260/A230 que oscilan entre 1.83 y 2.25, lo que indicaba la alta calidad de ARN en diferentes variedades de plátano y tipos de tejidos. Se encontró que este método era muy efectivo cuando se extrajo ARN de plantas estresadas por sequía, con un rendimiento de 2.92 a 6.30 ug/100 mg de peso fresco con alta integridad y calidad de ARN (RNA IQ) de 7.8-9.9 en los diferentes grupos de tejidos. Además, el ARN se aplicó con éxito en PCR y PCR en tiempo real cuantitativa (qRT-PCR), confirmando la aplicación posterior en el análisis de expresión génica. Este método es una técnica fiable y eficiente para los métodos de extracción de ARN como Trizol, NucleoSpin, RNeasy y los procedimientos de CTAB reportados hasta ahora.