En los últimos años, los alimentos novedosos se están convirtiendo en una tendencia emergente cada vez más demandada en los países desarrollados. Se están investigando proteínas alimentarias de origen vegetal (legumbres, cereales), hongos, bacterias e insectos para introducirlas en alternativas a la carne, bebidas, productos horneados y otros. Uno de los desafíos más complejos para introducir alimentos novedosos en el mercado es garantizar la seguridad alimentaria. Nuevos escenarios alimentarios impulsan la detección de alérgenos novedosos que deben ser identificados y cuantificados con el objetivo de un etiquetado adecuado. Las reacciones alérgicas son causadas principalmente por proteínas de gran abundancia en los alimentos, frecuentemente de pequeña masa molecular, glicosiladas, solubles en agua y con alta estabilidad a la proteólisis. Se han investigado los alérgenos alimentarios más relevantes de origen vegetal y animal, como las proteínas de transferencia lipídica, profilinas, proteínas de almacenamiento de semillas, lactoglobulinas, caseínas, tropomiosinas y parvalbuminas de frutas, verduras, nueces, leche, huevos, mariscos y pescado. Se deben desarrollar nuevos métodos de cribado masivo en busca de alérgenos potenciales, particularmente en lo que respecta a bases de datos de proteínas y otras herramientas en línea. Además, se deben implementar varias herramientas bioinformáticas basadas en alineación de secuencias, identificación de motivos o predicciones de estructuras en 3D. Finalmente, la proteómica dirigida se convertirá en una tecnología poderosa para la cuantificación de estas proteínas peligrosas. El objetivo final es construir una red de vigilancia efectiva y resiliente con esta tecnología de vanguardia.