El cambio climático pone en peligro la producción de soja al disminuir el rendimiento y la calidad de las semillas. En esta revisión, se resumen las alteraciones morfofisiológicas de la soja en respuesta al estrés abiótico, seguidas de ilustraciones de los metabolismos celulares y los mecanismos regulatorios ante el estrés organelar basados en proteómica subcelular. Esto destaca las comunicaciones asociadas con la eliminación de especies reactivas de oxígeno, chaperonas moleculares y señales de fitohormonas entre compartimentos subcelulares. Dada la complejidad del cambio climático y las limitaciones de las plantas para hacer frente a múltiples estreses abióticos, se propone una respuesta genérica a las restricciones ambientales entre las señales de calcio y ácido abscísico en organelos subcelulares. Esta revisión resume los hallazgos de la proteómica subcelular en soja estresada y discute las perspectivas futuras de la proteómica subcelular para promover la mejora de cultivos tolerantes al clima.