Los yaks con retraso en el crecimiento son de alta proporción en la meseta tibetana y reducen el ingreso económico de los agricultores. Nuestros estudios anteriores descubrieron un maldesarrollo en el epitelio ruminal de los yaks con retraso en el crecimiento, pero los mecanismos moleculares aún no están claros. Este estudio tuvo como objetivo revelar cómo el perfil proteómico en el epitelio ruminal contribuyó al retraso en el crecimiento de los yaks. El proteoma del epitelio ruminal se detectó utilizando un espectrómetro de masas de alta resolución. Se encontraron 52 proteínas expresadas de manera significativamente diferente entre el epitelio ruminal de yaks con retraso en el crecimiento y yaks de crecimiento normal, con 32 reguladas a la baja y 20 reguladas al alza en los yaks con retraso en el crecimiento. El análisis funcional mostró que las proteínas expresadas de manera diferente estaban involucradas en la síntesis y degradación de cuerpos cetónicos ( = 0.012), metabolismo del propanoato ( = 0.018), metabolismo del piruvato ( = 0.020) y absorción de minerales ( = 0.024). Las expresiones proteicas de SLC26A3 y FTH1, enriquecidas en la absorción de minerales, estaban significativamente reguladas a la baja en los yaks con retraso en el crecimiento. Las enzimas clave ACAT2 y HMGCS2, enriquecidas en la síntesis de cuerpos cetónicos, y la enzima clave PCCA, enriquecida en el metabolismo del propanoato, tenían expresiones proteicas más bajas en el epitelio ruminal de los yaks con retraso en el crecimiento. La concentración de ATP y el número relativo de copias de ADN mitocondrial en el epitelio ruminal de los yaks de crecimiento normal eran dramáticamente más altos que los de los yaks con retraso en el crecimiento ( < 0.05). Las actividades de la citrato sintasa (CS), el complejo de deshidrogenasa de alfa-cetoglutarato (alpha-KGDHC), la isocitrato deshidrogenasa (ICD) en el ciclo del ácido tricarboxílico (TCA) y el complejo de la cadena respiratoria mitocondrial (MRCC) se redujeron significativamente en el epitelio ruminal de los yaks con retraso en el crecimiento en comparación con los yaks de crecimiento normal ( < 0.05). Las expresiones de ARNm de , , y , que son los genes de codificación en MRCC I, IV y respiración anaeróbica, también se redujeron significativamente en el epitelio ruminal de los yaks con retraso en el crecimiento ( < 0.05). El análisis de correlación reveló que el aumento diario promedio (ADG) estaba significativamente correlacionado positivamente con el número relativo de copias de ADN mitocondrial ( < 0.01, r = 0.772) y la concentración de ATP ( < 0.01, r = 0.728) en el epitelio ruminal, respectivamente. El peso ruminal estaba correlacionado positivamente con el número relativo de copias de ADN mitocondrial ( < 0.05, r = 0.631) y la concentración de ATP en el epitelio ruminal ( < 0.01, r = 0.957), respectivamente. Las papilas ruminales tenían una correlación positiva significativa con la concentración de ATP en el epitelio ruminal ( < 0.01, r = 0.770). Estos resultados sugieren que los yaks con retraso en el crecimiento tienen un metabolismo de VFA, síntesis de cuerpos cetónicos, absorción de iones y síntesis de ATP más bajos en el epitelio ruminal; también indica que el retraso en el crecimiento de los yaks está relacionado con la obstrucción de la síntesis celular de ATP en las células epiteliales del rumen.