En la conservación ex situ de especies de condrictios, la reproducción exitosa en acuarios es esencial. Sin embargo, estas especies a menudo muestran un éxito reproductivo reducido bajo el cuidado humano. Un aspecto clave es que los análisis convencionales de esperma no proporcionan información sobre la competencia funcional del esperma. Sin embargo, el análisis proteómico permite una mejor comprensión de la fisiología masculina, ganando relevancia como una herramienta poderosa para descubrir biomarcadores proteicos relacionados con la fertilidad. El presente trabajo tiene como objetivo construir la primera base de datos de proteomas para el semen de tiburón e investigar los perfiles proteómicos del plasma seminal y los espermatozoides de tiburones de manchas pequeñas relacionados con las adaptaciones subyacentes a los entornos naturales y de acuario, identificando así el impacto reproductivo en los especímenes de acuario. Se identificaron un total de 305 proteínas en el plasma seminal y 535 en los espermatozoides. Entre estas, 89 proteínas (29.2% del conjunto de plasma seminal) fueron comunes tanto a los espermatozoides como al plasma seminal. En el plasma seminal, solo la proteína adenosilhomocisteinasa mostró abundancia diferencial (DAP) entre animales salvajes y de acuario. Con respecto a las proteínas de los espermatozoides, se encontraron un total de 107 DAP entre los grupos. El análisis de enriquecimiento de Gene Ontology destacó los roles funcionales primarios de estas DAP involucradas en la actividad de oxidoreductasa. Además, el análisis de KEGG indicó que estas DAP estaban principalmente asociadas con vías metabólicas y metabolismo del carbono. En conclusión, hemos generado con éxito una base de datos inicial de proteomas para el plasma seminal y los espermatozoides. Además, hemos identificado variaciones proteicas, predominantemente dentro de los espermatozoides, entre poblaciones de acuario y salvajes de tiburones. Estos hallazgos proporcionan una base para futuros descubrimientos de biomarcadores en estudios de reproducción de tiburones. Sin embargo, se requiere investigación adicional para determinar si estas variaciones proteicas se correlacionan con los declives reproductivos en tiburones en cautiverio.