Una de las causas de muerte más prevalentes entre las mujeres en todo el mundo es el cáncer de mama. Este estudio tuvo como objetivo caracterizar y diferenciar los perfiles proteómicos de las líneas celulares de cáncer de mama tratadas con Doxorrubicina (DOX) y nanopartículas de Doxorrubicina-CaCO (DOX-Ar-CC-NPs). Este estudio determina el potencial terapéutico de las nanopartículas de aragonita CaCO cargadas de doxorrubicina utilizando un análisis de Cromatografía Líquida/Espectrometría de Masas. En total, se expresaron 334 proteínas en las células tratadas con DOX-Ar-CC-NPs, mientras que el tratamiento con DOX solo expresó 54 proteínas. De las 334 proteínas expresadas en las células tratadas con DOX-CC-NPs, solo 36 proteínas mostraron cambios en la abundancia, mientras que en las células tratadas con DOX, solo 7 de 54 proteínas se expresaron diferencialmente. La mayoría de las 30 proteínas identificadas que se expresan diferencialmente en las células tratadas con DOX-CC-NPs son enzimas clave que tienen un papel importante en el metabolismo de carbohidratos así como en la energía, incluyendo: piruvato quinasa, ATP sintasa, enolasa, glicerol-3-fosfato deshidrogenasa, transportador mitocondrial de ADP/ATP y tripsina. Otras proteínas identificadas son proteínas estructurales que incluyen; queratina, tubulina alfa y beta, actina y actinina. Además, se identificó una de las proteínas de choque térmico, que es Hsp90; otras proteínas incluyen anexinas y proteína 4 del epidídimo humano. Mientras que las proteínas identificadas en las células tratadas con DOX fueron la cadena alfa-1B de tubulina y una cadena beta, actina citoplasmática 1, anexina A2, proteína que contiene dominio IF rod y proteína regulada por glucosa de 78 kDa. El análisis bioinformático reveló las vías canónicas predichas que vinculan la señalización del citoesqueleto de actina, ILK, VEGF, BAG2, integrina y paxilina, así como la glucólisis. Esta investigación indica que el análisis proteómico es una técnica efectiva para la expresión de proteínas asociadas con fármacos de quimioterapia en tumores cancerosos; este método proporciona la oportunidad de identificar objetivos de tratamiento para las células cancerosas MCF-7, y un sistema de cromatografía líquida-espectrometría de masas (LC-MS/MS) permitió la detección de un mayor número de proteínas que el análisis de gel 2-DE, así como proteínas con pIs máximos y alto peso molecular.